肝脏超声检查和AFP检查只能作为原发性肝癌的初步筛查，确诊肝癌有其严格的规定：
病理学诊断标准：
1、肝脏占位病灶或者肝外转移灶活检（B超或CT引导下肝穿刺活检术）或手术切除组织标本，经病理组织学和/或细胞学检查诊断为HCC，此为金标准。
2、临床诊断标准：在所有的实体肿瘤中，唯有HCC可采用临床诊断标准，国内、外都认可，非侵袭性、简易方便和可操作强，一般认为主要取决于三大因素，即慢性肝病背景，影像学检查结果以及血清AFP水平；但是学术界的认识和具体要求各有不同，常有变化，实际应用时也有误差，因此，结合我国的国情、既往的国内标准和临床实际，专家提议宜从严掌握和联合分析，要求在同时满足以下条件中的（1）+（2）a两项或者（1）+（2）b+（3）三项时，可以确立HCC的临床诊断：
（1）具有肝硬化以及HBV和/或HCV感染（HBV和/或HCV抗原阳性）的证据；
（2）典型的HCC影像学特征：同期多排CT扫描和/或动态对比增强MRI检查显示肝脏占位在动脉期快速不均质血管强化，而静脉期或延迟期快速洗脱。
①如果肝脏占位直径≥2cm，CT和MRI两项影像学检查中有一项显示肝脏占位具有上述肝癌的特征，即可诊断HCC；
②如果肝脏占位直径为1-2cm，则需要CT和MRI两项影像学检查都显示肝脏占位具有上述肝癌的特征，方可诊断HCC，以加强诊断的特异性。
（3）血清AFP≥400μg/L持续1个月或≥200μg/L持续2个月，并能排除其他原因引起的AFP升高，包括妊娠、生殖系胚胎源性肿瘤、活动性肝病及继发性肝癌等。
病理学诊断标准、临床诊断标准据适用于肝癌的诊断，但病理学诊断特别是B超或CT引导下肝穿刺活检术有一定的手术并发症如出血、感染、针道的种植转移等，现在越来越多的倾向于临床诊断，但对于临床诊断较为困难的则必须采取病理学诊断。