根治性前列腺切除术后发生严重并发症的风险较低，该手术极少造成患者死亡或严重残疾。
前列腺与阴茎之间有重要的神经穿过，在根治性前列腺切除术中，技术熟练的外科医生通常可以保护大部分的神经。但手术中仍有可能不经意地损伤到神经，从而引起下列并发症：
- 尿失禁：根治性前列腺切除术后，少数患者的排尿功能可能受到影响。
- 勃起功能障碍（俗称阳痿）：前列腺切除术后，勃起功能障碍是常见并发症。尽管如此，大多数男性在前列腺切除术后仍能通过口服药物（PDE-5 抑制剂，常见如“西地那非”等）、真空勃起装置或尿道内/海绵体内注射血管扩张剂等途径维持性功能。患者越年轻，术后勃起功能障碍的发生率就越低。但勃起功能的恢复需要一段时间。
在根治性前列腺切除术过程中，要做到不损伤神经需要外科医生有很高的技巧。
根治性前列腺切除术可能引起的其他并发症包括：
早期并发症：
- 术后出血
- 直肠、输尿管或神经损伤
- 漏尿或尿瘘
- 血栓形成
- 尿路感染
- 切口愈合不良
- 囊状淋巴管瘤
晚期并发症：
- 腹股沟疝
- 尿道狭窄、排尿不畅
只有不到 10% 的患者在前列腺切除术后会出现并发症，且通常是可以控制的，一般持续时间也比较短。