乙肝大三阳时，乙肝病毒处于高度活跃期，病毒会进入肝细胞，引起肝细胞的变性（如肝细胞肿大或缩小）、坏死（单细胞、多细胞坏死），肝细胞周围还会有的炎症细胞分布，表明肝细胞损伤的存在。慢性感染会使得成纤维细胞增生，肝组织发生纤维化、结构紊乱，久之会导致肝硬化，甚至肝癌。
乙肝大三阳时，即乙肝病毒表面抗原、乙肝病毒e抗原、核心抗体处于阳性，表明机体内存在乙肝病毒，且处于相对活跃的复制期。乙肝病毒会侵袭肝细胞，造成肝细胞发生变性，如肝细胞肿胀、肝细胞体积缩小，引起肝细胞功能的降低，还会引起肝细胞的单细胞坏死、周围性坏死，引起肝功能的减退，同时，肝细胞周围还会浸润有炎症细胞，表明有肝细胞的损伤存在。
除此之外，若长时间存在慢性感染，则肝脏的网状支架会受到破坏，再加上肝细胞的不断再生，会使得肝脏内部结构紊乱，成密布的团块状，即形成肝硬化，严重影响肝功能，还可引起黄疸、腹水等临床表现。久之，肝硬化还可能引发肝癌。所以建议大三阳患者应今早治疗，改善预后。